两者的区别在于计税方式。
一般纳税人是按毛利（即进销差价）的一定比例纳税，对外开增值税专用发票，客户取得后可抵其要缴纳的增值税。
小规模纳税人按营业额全额的3.36%纳税，对外开具普通发票，客户取得后不能抵扣其要缴纳的增值税。
新公司注册成立后，默认为小规模纳税人，成为一般纳税人需要另外申请。
小规模纳税人有年营业额限制，超过后强制升级为一般纳税人。